ご質問ありがとうございます！

無線局の申請についてはこちらを参照してください。
http://www.jaisa.jp/topics/pdfs/rfid-frequency/22.j-h2504-01.pdf
http://www.soumu.go.jp/soutsu/kanto/ru/rfid.html

だけでは切ないので、少しだけ捕捉しますね。

無線局の申請って、そんなに難しいものではなくって基本的には書類を準備して、地域ごとの総合通信局に提出するだけです。

書類の提出は2段階。

１．包括登録申請
　　→本社所在地の都道府県を管轄する総合通信局へ提出

２．無線局の開設届
　　→実際に機器を設置する都道府県を管轄する総合通信局へ提出

各地の総合通信局リストは、こちらまとまってて便利ですね。
http://tsscom.co.jp/hosho/syozai1.html
（すいません、勝手にリンクはらせていただいてます。。。）

基本的には、機器購入先のベンダーさんに無線局の申請が必要な機種かどうかを確認しましょう。

書類の作成についても当該機器を販売しているベンダーさんは大抵、提出書類のフォーマットを持ってますので、
リーダー購入時に一緒に納品してもらうようにしましょう。技適証明番号と、リーダー個別の製造番号を入れてもらうのを忘れずに。

費用的には、包括登録申請の際に2,900円と、あと年額利用料450円が必要です。

とりいそぎの回答まで。