こんにちは、ご質問ありがとうございます。

MANICA Excel Toolで読取可能な領域は、UID/IDmのみです、
通常、UID/IDmについてはチップメーカーがユニークな値を書き込んで出荷しますが、
Mifare系の古いタイプ（Mifare 1K Classicなど）では、UIDは桁数が8桁と短くユニーク性が保証されません。
おそらくこのあたりが原因なのではないかと思います。

プリンタなどの個人認証では、UID/IDm領域ではなく、ユーザメモリに社員番号をエンコードして
認証情報として利用するのが一般的です。

おそらく貴社の社員証ICもユーザメモリに社員番号的なIDが書き込まれている仕様かと思います、

下記のAndroidアプリで、社員証ICをスキャンすると、チップの種別や
UID/IDmを参照することが出来るかもしれません。
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.nxp.taginfolite

一度お試しいただけますと幸いです。